Вопрос: 

ТОО импортирует товар Сербии и на доставку груза заключает договор с нерезидентами Сербия.
При растаможки товара часть по инвойсу транспортные расходы, вошли в таможенную стоимость, а часть не вошла.
Например: 10000 инвойс, из них 5000 вошла, а 5000 не вошла в таможенную стоимость.

Будет ли данная сумма облагаться КПН за нерезидента?
или можем применить согласно 645 ст п 9 пп1?
Или мы применяем 644 ст. п1 пп 17?
и облагаем данную сумма по транспортным расходам КПН?
и есть ли обязательство по сдачи 101.04 если мы попадаем по 645 ст. п 9 пп1? 

Ответ Председателя Комитета государственных доходов МФ РК от 20 января 2023 года на вопрос от 20 декабря 2022 года № 762083: 

В рассматриваемом случае представленная информация не достаточна для квалификации вида дохода. Вместе с тем, представляем общеустановленный порядок налогообложения по интересующим Вас вопросам. 

Статьей 644 Кодекса Республики Казахстан «О налогах и других обязательных платежах в бюджет» (Налоговый кодекс) определены доходы нерезидента из источников в Республике Казахстан. 

Пунктом 1 статьи 645 Налогового кодекса определено, что доходы из источников в Республике Казахстан юридического лица-нерезидента, деятельность которого не приводит к образованию постоянного учреждения в Республике Казахстан, облагаются корпоративным подоходным налогом у источника выплаты без осуществления вычетов. 

В соответствии с подпунктом 17) пункта 1 статьи 644 Налогового кодекса доход от оказания услуг по международной перевозке признается доходом нерезидента из источников в Республике Казахстан. 

В целях раздела 19 Налогового кодекса международными перевозками признаются любые перевозки пассажиров, багажа, товаров, в том числе почты, морским, речным или воздушным судном, автотранспортным средством или железнодорожным транспортом, осуществляемые между пунктами, находящимися в разных государствах, одним из которых является Республика Казахстан. 

Согласно подпункту 4) пункта 1 статьи 646 Налогового кодекса доходы нерезидента от оказания услуг по международной перевозке подлежат налогообложению у источника выплаты по ставке 5 процентов, если иное не установлено пунктами 2 и 3 данной статьи. 

Вместе с тем, согласно подпункту 1) пункта 9 статьи 645 Налогового кодекса не подлежат налогообложению выплаты, связанные с поставкой товаров на территорию Республики Казахстан в рамках внешнеторговой деятельности, за исключением оказанных услуг, выполненных работ на территории Республики Казахстан, связанных с данной поставкой. 

В случае, если по условиям договора (контракта) на поставку товаров в цену сделки включены расходы на оказание услуг, выполнение работ на территории Республики Казахстан без выделения в договоре (контракте) отдельно сумм по приобретенным товарам и (или) таким расходам, то стоимость приобретенных товаров определяется на основе цены сделки, указанной в договоре (контракте) с учетом таких расходов. 

В случае, если по условиям договора (контракта) на поставку товаров в цену сделки включены расходы на оказание услуг, выполнение работ на территории Республики Казахстан, при этом сумма по приобретенным товарам указана отдельно от таких расходов, то стоимость по приобретенным товарам определяется без учета стоимости таких расходов.